El primero de ellos se desprende de las equidades que generan inequidad. Aunque conceptualmente es un Código de Minas equitativo, ya que desaparece las distinciones entre pequeña, mediana y gran minería, en la práctica no todos los mineros tienen la misma oportunidad. Para Álvaro Pardo es como poner a correr a un parapléjico con un atleta de alto rendimiento: mientras las empresas tienen plata, abogados, capacidad de influir y de cooptar, un pequeño minero escasamente tiene lo del bus para ir a Ingeominas a preguntar cómo va su solicitud. 

El segundo problema proviene de la laxitud del Código, con lo cual ha quedado sujeto a la interpretación del más hábil. Por ejemplo, si una persona quiere acceder a un título minero debe enfrentarse a varios rostros del Estado y lidiar con varias agencias. El problema está en que los empresarios mineros tienen la habilidad de jugar con eso y saben que entre más se contradigan dos funcionarios es mejor para ellos. "La ventana es más grande y por ahí cabe el elefante. Entonces, con todas esas áreas grises juegan", asegura Pardo.

En tercer lugar está la legalización de los títulos mineros. Si bien la falta de celeridad de las entidades mineras para agilizar los procesos de legalización es una parte importante del problema, se debe tener en cuenta la forma como se concibió el proceso y los efectos que generó. El hecho de que el minero pudiera continuar con la explotación hasta que la autoridad resolviera su solicitud y mientras tanto quedara protegido de acciones penales, del cierre por parte de las autoridades mineras o ambientales, y siguiera comercializando los minerales —incluso sin el pago de las regalías— generó dos consecuencias indeseadas. La primera, fue que los mineros perdieron el interés por legalizarse, ya que eso les implicaba el cumplimiento de las normas mineras, ambientales y tributarias. La segunda, fue que diferentes actores armados ilegales, incentivados ante la laxitud de las normas y de las condiciones, diversificaron su portafolio de actividades ilícitas.

La pregunta es: ¿cómo lograron involucrarse en la minería ilegal? "Se blindan socialmente generando empleos e ingresos, gozan de la simpatía de fuerzas policiales, cooptan con apoyo económico a las autoridades locales. Con lo que han creado pequeños para-estados"                                         Para Pardo, se trata de un fenómeno de aculturación de la ilegalidad, es decir, de aceptación de actividades que aunque ilegales, se toleran en la medida que aportan empleo e ingresos en zonas donde no existe presencia del Estado. 

Ante esta situación, el gobierno expidió el                                           el cual le permite a las Fuerzas Armadas destruir la maquinaria y los materiales usados para la minería ilegal. El problema detrás de este decreto es que el gobierno no sabe quiénes son los que hacen este tipo de minería y está persiguiendo a mineros tradicionales que no cuentan con un título o una licencia ambiental.